जोवाई की यात्रा का सबसे अच्छा मौसम सर्दियों और गर्मियों के दौरान होता है। सर्दियों के दौरान, पर्यटकों को ढ़ेर सारे ऊनी कपड़े ले जाने की आवश्यकता नहीं पड़ती है। सर्दियों और गर्मियों के दौरान यहां की यात्रा सुखद होती है। इस दौरान सड़के भी साफहोती है। ट्रैकिंग के लिए भी यह मौसम बेहतरीन होते है।
एक पठार पर स्थित होने के कारण जोवाई में भंयकर गर्मी नहीं पड़ती है। यहां गर्मी मार्च से मई तक पड़ती है। इस दौरान तापमान 22 डिग्री सेल्सियस से ज्यादा नहीं होता है। हालांकि, रात के दौरान, तापमान में गिरावट आ जाती है और मौसम ज्यादा ठंडा हो जाता है। इस मौसम में पर्यटकों को अपने साथ मोटे कपड़ों को ले जाने की सलाह दी जाती है।
मानसून, जोवाई के सुंदर वातावरण का अभिन्न अंग है। यहां मानसून काफी जल्दी दस्तक देता है, मई के अंत तक यहां मानसून आ जाता है और अक्टूबर के आखिर तक रहता है। भारी वर्षा प्राप्त करने के कारण, यहां के इलाकों में भरपूर हरियाली होती है जो यहां आने वाले पर्यटकों को सुखद एहसास प्रदान करता है। हालांकि, बारिश के दिनों में यहां आवागमन काफी बाधित हो जाता है।
जोवाई में सर्दियां नबंवर से पड़नी शुरू होती है और फरवरी के अंत तक पड़ती है। इस दौरान हल्की - फुल्की फुहार भी पड़ती है। यहां न्यूनतक तापमान 4 डिग्री सेल्सियस तक हो जाता है। सर्दियों के दौरान यहां की सुबह उज्जवल होती है और दिन में गुनगुनी धूप भी निकलती है।