कंजिरापल्ली की सैर के लिए सबसे उत्तम मौसम वर्षा के बाद तथा ठंड के मौसम के पहले का होता है। सितंबर से मध्य फरवरी का समय भगवान के इस देश की यात्रा करने के लिए उत्तम होता है।
केरल के अन्य भागों की तरह कंजिरापल्ली की जलवायु भी उष्णकटिबंधीय है। गर्मियों का मौसम मार्च से मई तक होता है। इस शहर में मौसम की चरम स्थितियों का अनुभव नहीं होता। हालांकि यहाँ की गर्मियाँ गर्म और आद्र होती हैं परंतु गर्मियों में यहाँ के आकर्षणों की खोज करना वर्जित नहीं है।
वर्षा का मौसम जून में प्रारंभ होता है और सितंबर तक रहता है। इस दौरान बहुत भारी वर्षा होती है। मौसम ठंडा होता है और इस दौरान कंजिरापल्ली की यात्रा की जा सकती है।
दिसंबर से फरवरी तक का मौसम खुशनुमा होता है। इस समय मौसम ठंडा होता है और इस मौसम के दौरान यहाँ की यात्रा करना आनंददायक अनुभव होता है।