श्री सुब्रमण्य मंदिर, कन्नूर के प्रमुख मंदिरों में से एक है और यह पेय्यान्नूर में स्थित है। विद्वानों के अनुसार, इस मंदिर को भगवान परशुराम के द्वारा पवित्र किया गया था जो भगवान विष्णु के दस अवतारों में से एक हैं। इस मंदिर में पुरानी कहावतों और किंवदंतियों की लम्बी लाइन है और कुछ लोगों का मानना है कि इस स्थल के बारे में हिंदुओं के महाकाव्य ब्रह्माण्ड पुराण में भी उल्लेख किया गया है।
श्री सुब्रमण्य मंदिर की वास्तुकला अद्वितीय है जो यहां आने वाले आंगतुकों और श्रद्धालुओं के लिए आकर्षण होती हैं। इस मंदिर परिसर की दीवारें 12 फीट ऊंची हैं जो दुर्लभ स्थापत्य शैली में निर्मित हैं। पूरा मंदिर और इसका परिसर लगभग 3 एकड़ के क्षेत्र में फैला हुआ है। मंदिर का गर्भग्रह दो मंजिला है और एक हाथी की पीठ के आकार से मिलता - जुलता बना हुआ है।
इस मंदिर की खास बात है कि मंदिर के बाहर हमेशा एक पवित्र झंडा लहराता है जो लगभग दक्षिण भारत के सभी मंदिरों में फहराया जाता है। इस मंदिर के स्टोर में पर्यटकों के लिए थोड़ा सा आश्चर्य है, मंदिर के मुख्य यार्ड में ठीक सामने एक इलंजी का वृक्ष है जिसमें हर मौसम में केवल फूल आते हैं, फल कभी नहीं आता है।