लेपाक्क्षी की यात्रा का सबसे अच्छा मौसम अक्टूबर से फरवरी तक होता है। इस दौरान मौसम में ठंडक होती है। इस अवधि में पर्यटक आसानी से सैर कर सकते है। लेपाक्क्षी में सर्दियों में सैर के दौरान गर्म कपड़ों को साथ लाना कतई न भूलें।
लेपाक्क्षी में गर्मी का मौसम बेहद शुष्क और गर्म होता है। इस दौरान तापमान 40 डिग्री सेल्सियस तक पहुंच जाता है। सूर्य की गर्मी असहनीय होती है। गर्मियों की शाम भी सुखद नहीं होती है। इस अवधि में उत्तर भारत की तरह लू चलती है। मार्च से जून तक लेपाक्क्षी में गर्मी का मौसम रहता है। ऐसे में पर्यटकों को न आने की सलाह दी जाती है।
लेपाक्क्षी में मानसून जून मध्य से सितम्बर तक रहता है। इस दौरान यहां भारी वर्षा होती है। तापमान में भी काफी गिरावट आ जाती है और लगभग 32 डिग्री सेल्सियस तक तापमान पहुंच जाता है। लेपाक्क्षी में मानसून से लोग खुश हो जाते है लेकिन उन्हे कई दिक्कतों का सामना भी करना पड़ता है। अक्टूबर के महीने में भी यहां हल्की फुहार पड़ती है।
लेपाक्क्षी में उत्तर भारत की तरह कडाके की सर्दी नहीं पड़ती है लेकिन फिर भी मौसम काफी ठंडा रहता है। इस अवधि में तापमान 27 डिग्री सेल्सियस रहता है। इस दौरान निकलने वाली धूप में कोई गर्मी नहीं होती है। शाम और रात के दौरान मौसम ठंडा ज्यादा होता है।