पण्डरीनाथ मन्दिर महेश्वर का एक बहुत ही महत्वपूर्ण मन्दिर है। अन्य मन्दिरों से अलग यह मन्दिर भगवान विष्णु को समर्पित है। स्थानीय लोगो के विश्वास अनुसार सावन के पवित्र हिन्दू महीने के कृष्ण पक्ष के 8वें दिन भगवान कृष्ण पण्डरीनाथ के रूप में अवतरित हुये थे। यह द्वापर युग के अन्त में हुआ था।
पुराणों में भी भगवान विष्णु की पूजा पण्डरीनाथ या भगवान विठ्ठल के रूप में किये जाने का उल्लेख मिलता है। इसके अलावा 13वीं से 17 वीं शताब्दी के प्रसिद्ध सन्तों ने अपने गीतों, कीर्तनों और उपदेशों से पण्डरीनाथ की पूजा को लोकप्रिय कर दिया था।
पण्डरीनाथ मन्दिर की खूबसूरती पुराणों की प्रतिमाओं की सुन्दर नक्काशी से और भी बढ़ जाती है। मन्दिर की लटकती हुई बाल्कनियों में भी सुन्दर नक्काशी को देखा जा सकता है। मन्दिर के दरवाजों पर भी उत्कृष्ठ कलात्मकता देखी जा सकती है जिन्हें सूक्ष्म नक्काशियों से सजाया गया है।