नाथूखान एक छोटा सा गाँव है जो समुद्र सतह से 1940 मीटर की ऊँचाई पर स्थित है। यह मुक्तेश्वर से लगभग 14 किमी. की दूरी पर स्थित है। इस गाँव का नाम इस स्थान के प्रख्यात मुस्लिम व्यक्तित्व नथुआ खान के नाम पर पड़ा। यह गाँव बहुत से छोटे क्षेत्रों में बंटा हुआ है जो इस प्रकार हैं, तल्लातंदा, नवादा, मल्लातंदा, गांव, काफलधारी, कनाला, झोप्रो, बनोला, बुंगा, बागीचा।