भैरों का मंदिर, मुज़फ्फरनगर के मुख्य मंदिरों में से एक है। यह अपने ग्यारह शिवलिंगों के कारण प्रसिद्ध है। मंदिर की देखभाल और मंदिर के सभी प्रशासनिक एवं उत्सवों से संबंधित कार्य एक ब्राह्मण परिवार द्वारा किये जाते हैं। इस मंदिर में हज़ारों भक्त आते हैं और त्योहारों, खासकर शिवरात्री एवं अन्य पवित्र दिनों के अवसर पर यहाँ बहुत भीड़ होती है।