पेरेन घूमने का सबसे अच्छा समय गर्मी और वसंत होता है। इस दौरान यहां का मौसम काफी खुशगवार रहता है। वसंत में यहां की प्राकृतिक सुंदरता अपने शबाब पर होती है। अगर आप अक्टूबर के समय पेरेन घूमने जाएंगे तो आप चागा-नगी और चेगा गादी त्योहार का आनंद भी ले सकते हैं।
मार्च से मई तक पेरेन में गर्मी का मौसम रहता है, जो कि साल का सबसे खुशनुमा समय होता है। इस मौसम में यहां दिन का तापमान 18 डिसे से 25 डिसे के बीच रहता है। यदा-कदा इस मौसम में बारिश भी हो जाती है, जिससे यहां की सुंदरता और भी बढ़ जाती है।
नागालैंड के दूसरे हिस्सों की तरह पेरेन में भी जून से अक्टूबर के बीच औसत वर्षा ही होती है। इस दौरान कभी कभार ओलावृष्टि भी देखने को मिलती है। इस मौसम में ज्यादातर पेड़-पौधों में फूल खिल जाते है, जिससे यहां के जंगल और पहाड़ों की खूबसूरती देखते ही बनती है।
ठंड का समय पेरेन में नवंबर से शुरू होता है जो कि फरवरी के अंत तक रहता है। पर्वतीय इलाका होने के कारण इस क्षेत्र में ज्यादा ठंड पड़ती है और पारा 5 डिसे से नीचे चला जाता है।