पांडिचेरी में बोटनिकल गार्डन तथा एक्वैरियम सी.एस. पैरोटेट द्वारा 1826 में स्थापित किए गए थे। बोटनिकल गार्डन विदेशी पौधों का एक संग्रह है जो जीव विज्ञान के छात्रों और शोधकर्ताओं के लिए रुचिकर है। यह गार्डन और एक्वैरियम प्रमुख बस स्टैंड के दक्षिण द्वार के पास स्थित है तथा 22 एकड़ भूमि पर फैले हुए हैं। यह 1960 में पांडिचेरी में बागवानी का प्रमुख केंद्र बन गया था। एक्वैरियम में समुद्री जीवन की विस्तृत विविधता है जो इसे एक लोकप्रिय पर्यटन स्थल बनाती है। यह आने वालो को जलीय जीवन की एक अनोखी झलक प्रदान करता है। इस बगीचे में एक बच्चों की ट्रेन, एक डांसिंग फव्वारा, सुंदर मछलियों की कुछ दुर्लभ किस्में तथा छः फव्वारें हैं।