अयप्पा मंदिर , जहाँ भगवान् अयप्पा की पूजा की जाती है, सबरीमला का का मुख्य आकर्षण है। उनका आशीर्वाद लेने के लिए मनुष्यों का समुद्र प्रति वर्ष यहाँ आता है। यह संतोष, आध्यात्मिक उन्नति, खुशहाली, भक्तों की इच्छाओं की पूर्ती का आश्वासन देता है। यह अपनी तीर्थयात्रा के लिए मुख्य रूप से जाना जाता है जो नवंबर का महीने में प्रारंभ होकर जनवरी में समाप्त होती है।

पूरी पहाड़ियाँ अयप्पा के मंत्र के साथ गूंज उठती हैं क्योंकि इस समय के दौरान मंडल पूजा का उत्सव मनाया जाता है। भक्तों को मंदिर के गर्भगृह तक पहुँचने के लिए 18 पवित्र सीढियां चढ़नी होती हैं। ऐसा विश्वास है कि ये सीढियां मनुष्य के अलग अलग लक्षणों को प्रस्तुत करती हैं: पहली पांच सीढियां मनुष्य की पांच इन्द्रियों को चिन्हित करती हैं, अगली 8 मानवीय भावनाओं को प्रस्तुत करती हैं, इसकी अगली तीन सीढियां मानवीय गुण और अंतिम 2 सीढियां ज्ञान और अज्ञान का प्रतीक हैं।

अयप्पा मंदिर के बाएँ ओर एक मंदिर है जो मलिकप्पुरम देवी को समर्पित है। यह मंदिर आत्मा को तरोताज़ा करने वाला अनुभव प्रदान करता है क्योंकि पर्यटकों को मंदिर के परिसर से पश्चिमी घाट का बहुत मनोरम दृश्य दिखाई देता है।