बटरफ्लाई म्यूजियम भारत का एकमात्र ऐसा म्यूजियम है, जो तितली और पतंगो को समर्पित है। यह एक निजी म्यूजियम है और यहां तितलियों और पतंगो का विशाल संकलन है। यह बटरफ्लाई म्यूजियम शिलांग के मुख्य शॉपिंग स्थल पुलिस बाजार से 2 किमी दूर स्थित है। इस म्यूजियम में तितली और पतंगा की कुछ दुर्लभ प्रजातियां भी देखी जा सकती है।
इस म्यूजियम में विशेष तौर पर बनवाए गए डिस्पे में रंग बिरंगी तितलियों को देखना एक अच्छा अनुभव साबित होता है। यह म्यूजियम बटरफ्लाई ब्रीडिंग प्रोग्राम के पहल के लिए भी जाना जाता है। वैसे तो इस प्रोग्राम की शुरुआत सिर्फ व्यवसायिक हित के लिए किया गया था, पर आज ये एक सर्व-सुविधायुक्त तितली और पतंगा का एंथोलॉजी सेंटर बन गया है।
तितली और पतंगा की कई दुर्लभ प्रजातियों के संरक्षण के अलावा यह म्यूजियम उनके जीवन चक्र पर भी रोशनी डालता है। बटरफ्लाई म्यूजियम पहुंचने के लिए पर्यटक टैक्सी का सहारा ले सकते हैं।