शाहजहाँ की मस्जिद सफ़ेद संगमरमर की बनी हुई है जो दरगाह शरीफ के भीतरी आंगन में स्थित है। मस्जिद की संरचना में निचले तोरण मार्ग के साथ 30.5 मीटर लंबा मैदान है एवं पवित्र स्थानों पर जाली के काम के साथ नाज़ुक नक्काशियाँ हैं। मस्जिद वास्तुकला की ठेठ मुगल शैली में बनाई गई है एवं 11 मेहराबें इसकी विशेषताएँ हैं।
41 मीटर ऊंची मस्जिद को नाज़ुक तरीके से बनाया गया है एवं इसके शिखर पर एक सुंदर संगमरमर का गुंबद है। लोगों का यह विश्वास है कि इस मस्जिद के गुंबद को बनाने के लिए जिस संगमरमर का प्रयोग हुआ है वह उसी खदान से निकाला गया है जिसमें से ताजमहल के लिए संगमरमर निकाला गया था। मस्जिद जो हरे और सफ़ेद रंग की है, मुगल बादशाह शाहजहाँ द्वारा बनाई गई थी।