चूंकि गंगटोक ऊंचाई पर स्थित है और एक आश्रय का गढ़ भी है, इसलिये इस जगह पर साल भर तक एक सुखद वातावरण रहता है।
गंगटोक में गर्मी का मौसम अप्रैल और जून के बीच रहता है। इस मौसम के दौरान तापमान अधिकतम 22 डिग्री सेल्सियस तक पहुंचने के साथ जलवायु काफी हल्का रहता है।
गंगटोक का मॉनसून एक उपोष्णकटिबंधीय जलवायु से प्रभावित है। गंगटोक में मॉनसून का मौसम जून से अक्टूबर तक रहता है और इस दौरान यहां तीव्र बारिश होती है, जिसके कारण भूस्खलन होता है, ऐसे में कई बार गंगटोक बाकी के देश से कट जाता है। बारिश मई के महीने से शुरू होती है और जुलाई में सबसे ज्यादा बारिश होती है।
गंगटोक में सर्दियां काफी ठंडी होती हैं। इस दौरान औसत न्यूनतम तापमान -3 डिग्री सेल्सियस तक गिर जाता है। हालांकि बर्फबारी बहुत कम होती है। यहां 1990, 2004, 2005 और 2011 में बर्फ गिरी थी।