अपनी विशेष भौगोलिक स्थिति के कारण कारगिल में आर्कटिक और रेगिस्तानी, दोनो प्रकार की जलवायु रहती है। हिमालय पर्वतमाला में स्थित होने के कारण, इस जगह भारी हिमपात होता है और इसके फलस्वरूप इस समय कई रास्ते बंद हो जाते हैं। कारगिल में सर्दियां जमा देने वाली होती हैं और तापमान भी चुभने वाला -48 डिग्री सेल्सियस हो जाता है। हालांकि, गर्मियों के मौसम में तापमान गर्म हो जाता है जबकि बारिश यहां नगण्य हैं। साल भर में बर्फ के रूप में ही थोड़ी बहुत बारिश होती है जो बहुत कम है।
( अप्रैल से सितम्बर ) हालांकि गर्मियों के मौसम में कारगिल की जलवायु में थोड़ी गर्मी आ जाती है लेकिन इस दौरान भी ऊनी कपड़ों की जरूरत पड़ती है। इस दौरान अधिकतम तापमान लगभग 38 डिग्री सेल्सियस तक पहुंच जाता है। अनुकूल जलवायु के कारण, पर्यटक इस समय कारगिल की यात्रा आसानी से कर सकते हैं।
( अक्टूबर से मार्च ) सर्दियों के मौसम में तापमान बेहद असुविधाजनक और असहनीय हो जाता है, इस समय पारा गिरकर न्यूनतम -48 डिग्री सेल्सियस तक पहुंच जाता है। सर्दियों में भारी हिमपात के फलस्वरूप यहां के सभी रास्ते बंद हो जाते हैं। पर्यटकों को सर्दियों के मौसम में दिक्कत देने वाली परिस्थितियों के कारण यहां आने से बचना चाहिए।