मुज़फ्फरनगर की जलवायु उप-उष्णकटिबंधीय प्रकार की है जिसमें तीन स्पष्ट ऋतुएं होती हैं: गर्मी, मानसून और ठंड
गर्मी का मौसम मार्च से लेकर मई, और कभी कभी जून तक रहता है। तापमान 22-40 डिग्री सेल्सियस तक होता है और इस दौरान यहाँ गर्म हवाएं चलती हैं जो बहुत असुविधाजनक होती हैं।
मानसून का मौसम जुलाई से सितंबर तक होता है और इस दौरान यहाँ रूक रूक कर भारी बारिश होती है। आसमान बादलों से घिरा होता है और मौसम गीला और नम होता है।
ठंड का मौसम नवंबर से फरवरी तक होता है। इस समय मौसम सुहावना होता है और तापमान 12 डिग्री सेल्सियस से लेकर 20 डिग्री सेल्सियस के बीच होता है।