अक्टूबर से अप्रैल तक का समय नमदाफा राष्ट्रीय उद्यान की सैर के लिए सबसे उत्तम समय है। क्योंकि इसकी ऊंचाई 200 मीटर से 4500 मीटर तक है अत: उद्यान की जलवायु में बहुत परिवर्तन मिलता है। अधिक ऊंचाई पर पूरे वर्ष बर्फ रहती है। जैसे जैसे ऊंचाई बढ़ती है, वन्य जीवन में भी परिवर्तन होता है।
वन्य जीवन में रूचि रखने वाले लोग मार्च से मई के दौरान नमदाफा राष्ट्रीय उद्यान आ सकते हैं। मानसून के पहले के इस समय के दौरान वन्य जीवन की सैर बिना किसी बाधा के की जा सकती है।
अधिक ऊंचाई के विपरीत मैदानों में और तराई क्षेत्र में उष्णकटिबंधीय जलवायु पाई जाती है। इस राष्ट्रीय पार्क में जून से सितंबर के बीच दक्षिणी पश्चिमी मानसून से वर्षा होती है। अक्टूबर से नवम्बर के बीच का समय मानसून के बाद का समय माना जाता है। वर्षा और नमी इस क्षेत्र की वनस्पति पर प्रभाव डालते हैं।
ठंड का मौसम दिसंबर में प्रारंभ होता है और फरवरी तक रहता है। इन महीनों के दौरान अधिक ऊंचाई पर मौसम ठंडा रहता है और अधिकाँश चोटियाँ बर्फ से ढंकी हुई होती है जबकि मैदान और घाटियाँ बहुत ठंडे होते हैं।