यहां की सुखद जलवायु ही पोनमुडी के आर्दश मौसम को बताती है। यहां की सैर का सबसे अच्छा समय अक्टूबर से मार्च के बीच का होता है। गर्मियों के दौरान भी इस जगह की सैर काफी रोमांचक होती है। मानसून के ठीक बाद इस हिल स्टेशन में सैर करना बेहद आनंदमयी होता है, इस दौरान पूरी पहाड़ी हरे - भरे पेड़ों और घास के मैदानों से ढ़की हुई, पर्यटकों को मनोरम दृश्य प्रदान करती है।
पोनमुडी में गर्मियां मार्च के आखिर से शुरू हो जाती हैं और मई के अंत तक चलती हैं। इस दौरान यहां की सैर पर सबसे ज्यादा पर्यटक आते हैं क्यूंकि इस मौसम में गर्मी के बावजूद एक उचित और सुख देने वाला वातावरण होता है। गर्मियों के दौरान पोनमुडी का तापमान 21 डिग्री सेल्सियस से 34 डिग्री सेल्सियस के बीच ही रहता है। मई के महीने में यहां का मौसम सबसे ज्यादा गर्म होता है।
पोनमुडी में मानसून की शुरूआत जून के पहले सप्ताह से हो जाती है और सितम्बर तक यहां हल्की - हल्की बारिश लगातार होती है। इस मौसम में दिन के दौरान तापमान 20 डिग्री सेल्सियस और रात के दौरान इससे भी कम हो जाता है जिससे ठंडक हो जाती है। भारी बारिश के चलते कई बार इस क्षेत्र में सड़क मार्ग बदहाल हो जाता है और रास्ते बंद पड़ जाते हैं, ऐसे में यहां आना - जाना मुश्किल होता है। मानसून के दिनों में पोनमुडी की सैर की सलाह पर्यटकों को नहीं दी जाती है।
पोनमुडी में सर्दियां नवंबर के महीने से दस्तक देती हैं जो फरवरी के अंत तक पड़ती हैं। दूसरे हिल स्टेशन की तरह, यहां के तापमान में भी सर्दियों के मौसम में गिरावट आ जाती है। दिसंबर यहां, साल का सबसे ठंडा महीना होता है। जो पर्यटक सर्दियों में पोनमुडी आने का प्लान कर रहे हैं वह अपने साथ बैगपैक्स को भर कर लाएं, साथ ही सर्दियों में पहने जाने वाले ऊनी कपड़े भी लाएं।