अगर आप सेनापति की यात्रा की योजना बना रहे हैं तो अक्टूबर या नवंबर महीने के शुरूआत में आइए, यह समय यहां की सैर का सबसे अच्छा मौसम होता है। वैसे कुछ पर्यटक यहां आने के लिए गर्मियों का मौसम भी चुनते हैं, क्योंकि गर्मियों के दौरान यहां तापमान में ज्यादा बढोत्तरी नहीं होती है, सुहाने मौसम में आराम से भ्रमण किया जा सकता है। यहां भयंकर सर्दियां पड़ती हैं, अगर आप हड्डी कंपा देने वाली सर्दी का सामना करने को तैयार हैं तो सेनापति की सैर जाड़ों में कर सकते हैं।
सेनापति में गर्मियां मार्च के महीने में दस्तक देती हैं और जून के आखिर तक पड़ती हैं। इस दौरान अधिकतम तापमान 35 डिग्री सेल्सियस तक पहुंच जाता है, लेकिन रात के समय ऊंचाई पर स्थित होने के कारण यहां ठंडक हो जाती है। इस अवधि में कभी - कभार हल्की बारिश भी हो जाया करती है।
जुलाई से अक्टूबर के दौरान मानसून के महीनों में इस जिले में भारी बारिश होती है जो औसतन हर महीने 150 - 200 मिमी. होती है। इस पूरे मौसम में जुलाई में बिजली कड़कती है और सबसे ज्यादा वर्षा होती है। इस दौरान मौसमी फूलों की कई किस्में भी खिलती हैं।
उत्तर पूर्व के अन्य भागों की तरह सेनापति में भी नवंबर से फरवरी तक सबसे अधिक तापमान में गिरावट होती है, इस अवधि में यहां का तापमान 3 डिग्री सेल्सियस तक गिर जाता है। दिसम्बर सबसे ठंडा महीना होता है, इस महीने में पहाडि़यों से गुजरकर ठंडी - ठंडी हवाएं चलती हैं। पूरी घाटी में से हवाएं जनवरी के शुरूआत से फरवरी के अंत तक चलती हैं जिससे मौसम काफी सर्द हो जाता है।