वेलंकन्नी आने का सबसे अच्छा समय अक्टूबर से मार्च के बीच का है। गर्मियों के महीने सूखे और गर्म होते हैं, जून से सितंबर का समय उमस भरा होता है परन्तु तापमान मध्यम होने कारण आप एक छोटी यात्रा पर यहाँ आ सकते हैं। अक्टूबर से मार्च के बीच चर्च में त्योहार मनाये जाते हैं और मौसम भी सुहावना होता है अत: सारी चीज़ों को ध्यान में रखते हुए यही समय यहाँ आने के लिए सबसे उत्तम समय माना जाता है।
गर्मियों के दौरान यहाँ तापमान बहुत बढ़ जाता है और 28 डिग्री से लेकर 38 डिग्री सेल्सियस के बीच होता है। समुद्र से चलने वाली ठंडी हवाओं के कारण शाम को मौसम सुहावना हो जाता है। पर्यटकों को गर्मियों में यहाँ नहीं आने की सलाह दी जाती है खासकर अप्रैल और मई के महीनों में।
मानसून में यहाँ हल्की से मध्यम बारिश होती है। जून से सितंबर के दौरान, हल्का वातावरण और खूबसूरत दृश्य आपको यहाँ आने के लिए प्रेरित करते हैं। हालांकि बारिश के दौरान समुद्र तट लगभग खाली ही रहता है परंतु तीर्थयात्री मानसून के दौरान भी वेलंकन्नी आते हैं।
इस समय मौसम सुहावना होता है। दिसंबर से फरवरी के दौरान तापमान 21 डिग्री से 30 डिग्री सेल्सियस के बीच रहता है। क्रिसमस के समय वेलंकन्नी में बड़ी संख्या में लोग आते हैं। इस शहर में आने के लिए यह एक ख़ास समय है जब चर्च में त्योहार पूरे जोर शोर से मनाये जाते हैं।