गंगोत्री मंदिर भागीरथी नदी के तट पर स्थित है। ये मंदिर, समुद्र तल से 3200 मीटर की ऊंचाई पर स्थित है, गंगोत्री नदी देवी गंगा को समर्पित है। यहाँ देश के सबसे अधिक देवी गंगा देवी को समर्पित प्रमुख मंदिर हैं। वर्तमान में यहाँ पर स्थित ये मंदिर एक गोरखा जनरल अमर सिंह थापा द्वारा 18 वीं सदी में बनवाया गया था। ये मंदिर भारी बर्फबारी की वजह से सर्दियों के दौरान बंद रहता है। इस मंदिर के पास स्थित आश्रम पर्यटकों के लिए आवास की सुविधा प्रदान करता है।