जौनपुर में जौनपुर सिटी स्टेशन, शाहगंज जंक्शन और केराकत स्टेशन नाम से तीन रेलवे स्टेशन है, जो भारत के प्रमुख शहरों से अच्छे से जुड़े हुए हैं। दिल्ली और मुंबई से जौनपुर के लिए हर दिन ट्रेन मिलती है।