मान्यतः जुन्नर में पुणे के सामान ही उष्णकटिबंधीय जलवायु होती है। ठंड का मौसम यहाँ की सैर के लिए उपयुक्त है जब यह ठंडा और शांत होता है।
जुन्नर में गर्मी का मौसम मार्च में शुरू होकर मई तक रहता है। इस समय जलवायु सूखी होती है और अधिकतम तापमान 38 डिग्री सेल्सियस और निम्नतम तापमान 30 डिग्री सेल्सियस होता है। यहाँ भीषण गर्मी पड़ती है और यह समय यहाँ की सैर के लिए असुविधाजनक है। साल भर में अधिकतम तापमान अप्रैल और मई के महीनों में होता है।
यहाँ जून से लेकर सितंबर तक मानसून का मौसम होता है तथा पश्चिमी घाट की हवा की दिशा में स्थित होने के कारण यहाँ सामान्य वर्षा होती है। इस समय यहाँ अधिकतम तापमान 28 डिग्री सेल्सियस और निम्नतम तापमान 10 डिग्री सेल्सियस होता है। जून के महीने में सबसे अधिक वर्षा होती है।
यहाँ दिसंबर से फरवरी तक ठंड का मौसम होता है जब निम्नतम तापमान 6 डिग्री सेल्सियस और अधिकतम तापमान 28 डिग्री सेल्सियस होता है। दिन ठंडे होते हैं जबकि रातें अधिक ठंडी होती हैं। इस मौसम के दौरान ठंड के कपड़े ले जाना अनिवार्य है।