खंडाला में साल भर मौसम सुखदायक होता है जिसके कारण यह वर्ष में कभी भी उपलब्ध होता है। हालांकि घूमने के लिए और खंडाला के अनुभव के लिए उत्तम समय अक्टूबर और मई के बीच का समय है। इस समय मौसम अपने चरम पर होता है और खंडाला को महाराष्ट्र का सबसे अधिक प्रसिद्द गंतव्य बनाता है।
अप्रैल और मई के महीनों के बीच गर्मी का मौसम मुख्यतः गर्म होता है जब तापमान अधिकतम 32 डिग्री सेल्सियस तक होता है। साल में इस समय मौसम गर्म होता है।
यहाँ जून से सितंबर तक मानसून का मौसम रहता है जब दक्षिणी पश्चिमी मानसून के द्वारा यहाँ भारी वर्षा होती है। इस मौसम में खंडाला जाने से परहेज़ किया जाता है।
नवंबर से फरवरी के बीच ठंड का मौसम होता है। इस दौरान जलवायु मुख्य रूप से ठंडी होती है। निम्नतम तापमान 12 डिग्री सेल्सियस तक जाता है और अधिकतम तापमान 32 डिग्री सेल्सियस तक होता है।