सिक्किम के अन्य स्थानों की अपेक्षा मंगन कम ऊंचाई पर स्थित है। इस कारण पूरे साल के दौरान यहां की जलवायु सम शीतोष्ण बनी रहती है। गर्मी का मौसम मंगन घूमने के लिए सबसे अच्छा माना जाता है।
मंगन में अप्रैल से गर्मी का मौसम शुरू हो जाता है जो कि जुलाई के मध्य तक रहता है। इस मौसम में यहां का तापमान 28 डिसे से 10 डिसे तक रहता है। साथ ही यह समय मंगन घूमने के लिए सबसे अच्छा माना जाता है।
जुलाई से सितंबर के बीच मंगन में बरसात का समय रहता है। यह समय मंगन घूमने के लिए उपयुक्त नहीं होता क्योंकि इस दौरान यहां मुसलाधार वर्षा होती है।
ठंड का समय अक्टूबर से शुरू होकर फरवरी तक रहता है। इस दौरान यहां का अधिकतम तापमान 16 डिसे, जबकि न्यूनतम तापमान -5 डिसे तक चला जाता है। ठंड के मौसम की शुरुआत में यहां जाया जा सकता है। लेकिन कड़ाके की ठंड के दौरान मंगन जाना बुद्धिमता नहीं होगी।