मथुरा संग्रहालय शहर के बीचों बीच स्थित है। यहाँ पर प्राचीन भारत के पुराने अवशेष और मूर्तियाँ रखीं हैं। यह खजाने करीबन 3 सेंचुरी बी सी पुराने हैं। यह संग्रहालय बादामी पत्थर से बना है। मथुरा और इसके आस पास की गई खुदाई से मिले अवशेष यहाँ पर रखे गए हैं। इसको महत्वपूर्ण माना गया है क्योंकि यहाँ पर हर भारतीय धर्म और निष्ठां के धर्मग्रन्थ और पत्थर की मूर्तियाँ हैं। यह संग्रहालय कई साहित्यकारों को भी अपनी ओर आकर्षित करता है जो यहाँ आकर प्राचीन भारत के धर्म को समझते हैं। यहाँ पर रखी मूर्तियाँ भारतीय संस्कृति की विविधता को दर्शाती है।