काफी ऊँचाई पर स्थित होने के कारण अमरनाथ के मौसम में कई बदलाव आते हैं। साल के ज्यादा तर महीने यहाँ बर्फ बारी होती है। यहाँ का औसत तापमान 15 डिग्री रहता है। सर्दियों में भारी बर्फ बारी के कारण यहाँ का तापमान मैन्स डिग्री हो जाता है। सालाना अमरनाथ यात्रा गर्मियों में आयोजित होती है। इसलिए अमरनाथ की सैर दौरान अपने आप को हर मौसम के लिए तैयार रखें।
(मार्च से अक्टूबर)गर्मियों में अमरनाथ का वातावरण बहुत मधुर रहता है। गर्मियों में यहाँ का तापमान 15 डिग्री रहता है, जिसके कारण यहाँ दर्शन करने हजारों श्रद्धालु आते हैं।
अमरनाथ में मानसून की कोइ रुत नहीं है, जिसके कारण यहाँ वर्षा साल के किसी भी मौसम में हो सकती है। ऊबड – खाबड रास्तों की फिसलन यात्रियों की यात्रा में दिक्कत पैदा करते हैं। मानसून में अमरनाथ की यात्रा तै करने से पहले दो बार जरुर सोच लें।
अमरनाथ में सर्दी नवम्बर से लेकर अप्रैल महीने तक पडती है। सर्दियों में यहाँ बहुत ज्यादा ठंड होती है। इस मौसम में यहाँ तापमान -5 डिग्री से भी नीचे गिर जाता है। इस मौसम में सौलानी भारी बर्फ बारी का लुफ्त उठाने आते हैं।