चोट्टानिकारा में शुष्क और नम दोनों का मिला जुला मौसम रहता है। इसलिए यहां मानसून के अलावा लगभग पूरे साल लोग घूमने आते रहते हैं। सर्दियों का मौसम पर्यटन स्थलों में घूमने और बाहर आने जाने के लिए उपयुक्त है। यहां घूमने का एक और अच्छा मौसम अगस्त - नवंबर के दौरान है, जो त्योहारों और समारोहों का समय होता है।
मार्च के महीने में चोट्टानिकारा में अत्याधिक गर्मी रहती है, और यह मौसम मई के अंतिम सप्ताह तक के लंबे समय तक रहती है। गर्मियों का मौसम शुष्क रहता है और अधिकतम तापमान 37 डिग्री सेल्सियस के करीब पहुँच जाता है। मंदिरों की यात्रा करने के लिए यह सबसे अच्छा समय है, लेकिन यात्रियों को सूती कपड़े ले जाने चाहिए।
मानसून में चोट्टानिकारा में काफी अच्छा बारिश होती है। यह जून के महीने से शुरू होकर सितंबर तक रहती है। इस मौसम के दौरान भारी बारिश की संभावना बनी रहती है। यह सलाह दी जाती है कि यात्रियों को जून और जुलाई के महीने में यहां आने से बचना चाहिए क्योंकि उन्हें बाहर आने-जाने में असुविधा हो सकती है।
सभी अन्य दक्षिण भारतीय स्थानों की तरह, चोट्टानिकारा में सर्दियां दिसंबर के महीने से शुरू होती हैं। यह साल का सबसे ठंडा महीना होता है और घूमने के लिए यह सबसे अनुकूल समय होता है। इस अच्छे मौसम के दौरान बाहरी पर्यटन स्थलों में घुमने में बहुत आनंद आता है।