नाम से ही पता चल जाता है कि हुमायूं मस्जिद का निर्माण मुगल सम्राट हुमायूं ने करवाया था। हालांकि, वह अपने पिता बाबर की तरह एक वीर यौद्धा नहीं था। जब शेरशाह सूरी ने उन्हें पराजित किया तो वापस लोटते समय वे उस स्थान पर रुके जहां फिरोज शाह तुगलक ने एक किला बनाया था जिस में एक लैट स्थित था।
इस स्थान पर हुमायूं हर शुक्रवार की नमाज अदा करते थे और श्रद्धांजलि के रूप में यहां इस मस्जिद का निर्माण किया गया। मस्जिद का निर्माण मुगल शैली में किया गया है और इसे पूरा करने में तीन दशक लग गए (सन् 1526 से लेकर सन् 1556 तक)। मस्जिद की पश्चिमी ओर में लखौरी ईंटों से एक बड़ी दीवार बनाई गई है यह नमाज अदा करने की दिशा के रुप में बनी है।
यहां एक मेहराब भी है- जो मक्का में काबा की दिशा दिखाता है, जो मुसलमानों का पवित्र स्थान है। हुमायूं मस्जिद एक बहुत प्रमुख इस्लामी पवित्र स्थान है और भारी संख्या में मुसलमान इस स्थान पर शुक्रवार की नमाज अदा करने आते हैं। यह एक बहुत बड़ी स्मारक है और एक साथ हजारों लोग यहां नमाज अदा कर सकते हैं।