जलमग्न शिवलिंग, गंगोत्री का सबसे पवित्र पर्यटक आकर्षण है। यह पत्थर का बना हुआ एक प्राकृतिक शिवलिंग है जो सर्दियों के मौसम में पानी का स्तर कम होने पर दिखाई देता है। यह शिवलिंग जलमग्न शिवलिंग के रूप में भी जाना जाता है। पौराणिक कथाओं के अनुसार, भगवान शिव इसी स्थान पर बैठे थे जब उन्होनें अपनी जटाओं में पवित्र गंगा नदी को धारण किया था।