खंडाला का निकटतम हवाई अड्डा पुणे का घरेलू हवाई अड्डा है जो लगभग 66 किलोमीटर दूर है। मुंबई का छत्रपति शिवाजी अंतराष्ट्रीय हवाई अड्डा प्रमुख निकटतम अंतराष्ट्रीय हवाई अड्डा है जो खंडाला से लगभग 110 किलोमीटर दूर स्थित है। दोनों हवाई अड्डों से आपके गंतव्य तक टैक्सी सेवा उपलब्ध है और किराया क्रमशः 1500 से 2500 रूपये है।एक अन्य निकटतम हवाई अड्डा गांधीनगर हवाई अड्डा (नाशिक) है जो लगभग 143 किलोमीटर दूर स्थित है तथा दीव हवाई अड्डा है जो 196 किलोमीटर दूर है।