खांडगिरि की गुफाएं, उदयगिरि के नजदीक ही लगभग 15 से 20 मीटर की दूरी पर स्थित हैं। कुछ कदम चलकर ही यहां पहुंचा जा सकता है तथा गुफाएं आगंतुकों को अतीत के गौरव का दर्शन कराने को तैयार होती हैं। यहां कुल 15 गुफाएं हैं, जो मुख्य रूप से जैन भिक्षुओं के आवासीय प्रयोजन के लिए बनायी गयी हैं।
लगभग 2000 साल पुरानी इन गुफाओं की दीवारों पर कई लेख तथा मूर्तियां उकेरी गई हैं। चट्टानों को काटकर बनाये गये चित्र एवं उत्तम रूपांकनों से अलंकृत ये गुफाएं, दर्शकों को आसानी से प्रभावित कर देती हैं। इस शानदार पहाड़ी की चोटी पर, 18 वीं सदी की बना हुआ खूबसूरत घुमावदार व मूर्ति युक्त जैन मंदिर है।
हर साल जनवरी के अंत में, कई हिंदू धार्मिक महाकाव्य का पाठ करने व ध्यान करने के लिए यहां इकट्ठा होते हैं। उसी दौरान मेले का भी आयोजन किया जाता है, जिसमें काफी भीड़ उमड़ती है।