ऋषिकेश और देहरादून रेलवे स्टेशन यमुनोत्री से निकटतम रेलवे स्टेशन हैं,जो क्रमशः 200 किमी और 175 किमी की दूरी पर स्थित हैं। ये दोनों रेलवे स्टेशन प्रमुख भारतीय शहरों से अच्छी तरह से जुड़े हैं। यात्री रेलवे स्टेशन से टैक्सी और कैब से यमुनोत्री तक पहुँच सकते हैं।