यदि आप यहाँ के आद्र मौसम से बचना चाहते हैं तो आपको ठण्ड से बचने के सारे उपायों के साथ, सर्दियों में जुन्हेबोटो की यात्रा करने की सलाह दी जाती है। अगर आप इस जगह की नमी में भीगना चाहते हैं, तो मानसून का मौसम जुन्हेबोटो की यात्रा करने के लिए सबसे अच्छा समय है।
जुन्हेबोटो की गर्मियाँ मामूली सी गर्म होती हैं, यहाँ का उच्चतम तापमान 22 डिग्री सेल्सियस दर्ज किया गया है। गर्मियों का प्रसंग यहाँ के लिए कुछ लंबा नहीं है, केवल दो महीनों के लिए ही ग्रीष्म की ऋतु होती है। यहाँ तक कि हल्के गर्म कपड़े हमेशा साथ रखने की सलाह दी जाती है।
जुन्हेबोटो में मानसून लम्बे समय तक चलता है, नौ महीनों से भी ज्यादा समय तक बारिश होती है। यहाँ हर साल 200 सेमी के लगभग बारिश दर्ज की जाती है। जुलाई और अगस्त के महीने में भारी बारिश होती है। यहाँ की अधिक ऊंचाई, लंबे समय तक बारिश का मुख्य कारण है।
जुन्हेबोटो में सर्दियाँ बहुत ठंडी होती हैं और तापमान 1 डिग्री सेल्सियस के भी नीचे चला जाता है। सर्दियाँ दिसंबर तक सेट होकर फरवरी तक ख़तम हो जाती हैं। दिसंबर और जनवरी में कड़ाके की ठंड होती है। जुन्हेबोटो और उसके पड़ोसी क्षेत्रों की यात्रा के दौरान हमेशा ही ऊनी कपड़ों को साथ रखने की सलाह दी जाती है, ख़ास तौर पर सर्दियों के मौसम में।