जुन्हेबोटो राष्ट्रीय राजमार्ग 61 के किनारे लगा हुआ है, इसलिए यह राज्य के बाकी हिस्सों से अच्छी तरह से जुड़ा हुआ है। जुन्हेबोटो, कोहिमा से 152 किलोमीटर और मोकोकचुंग से 70 किलोमीटर की दूरी पर स्थित है। इन सभी स्थानों से नागालैण्ड राज्य परिवहन की बसें जुन्हेबोटो तक पहुँचने के लिए आसानी से उपलब्ध हैं। यहाँ से निजी टैक्सियों को भी बुक किया जा सकता है।