करनी माता मंदिर जिसे मूषक मंदिर के नाम से भी जाना जाता है देशनोक का एक प्रमुख पर्यटक आकर्षण है । देवी करनी माता इस मंदिर की प्रमुख देवी हैं जिनको ये मंदिर समर्पित किया गया है इन्हें मां दुर्गा का अवतार भी माना जाता है । किंवदंतियों के अनुसार, राव बीकाजी, जो बीकानेर के निर्माता है को देवी करनी माता से आशीर्वाद प्राप्त था. तब से देवी को बीकानेर राजवंश के संरक्षक देवता के रूप में पूजा जाता है। बताया जाता है की राजा गंगा सिंह द्वारा 20 वीं शताब्दी में इस मंदिर का निर्माण किया गया था।
मंदिर के प्रवेश द्वार पर एक बड़ा सा चांदी का गेट है जबकि मंदिर के अन्य भाग में संगमरमर पर सुन्दर नक्काशियों को दर्शाया गया है । ये मंदिर अपने चूहों के लिए भी जाना जाता है जिन्हें कबस कहा जाता है । ऐसा माना जाता है की इन चूहों में देवी के बच्चों की आत्मा होती हैं जिन्हें चरण कहा जाता है । इन चूहों के प्रति यहाँ के लोगों में गहरी आस्था है । यहाँ के लोगों की ऐसी धारणा है की यदि कोई श्रद्धालु यहाँ सफ़ेद चूहा देख ले तो वो बहुत भाग्यशाली होता है । साथ ही ये भी माना जाता है की यहाँ मौजूद चूहे अगर किसी श्रद्धालु के पैर में चढ़ जाएं तो उस व्यक्ति की मनोकामना बहुत जल्द पूरी होती है । इन चूहों को चढ़ावे के रूप में प्रसाद चढ़ाया जाता है ।