महागणपति मंदिर, गोकर्ण का प्रसिद्ध मंदिर है जो महाबलेश्वर मंदिर के पास में स्थित है। इस मंदिर को रावण से आत्मलिंगा छुडवाने में सफल होने वाले भगवान गणेश का समर्पित करके बनवाया गया। स्थानीय मान्यता के अनुसार, महाबलेश्वर मंदिर जाने से पहले इस मंदिर में दर्शन करने अवश्य आना चाहिए। यह मंदिर यहां 1.3 मीटर ऊंची मूर्ति के कारण के कारण जाना जाता है। श्रद्धालु यहां आकर महागणेश मंदिर में पूजा कर सकते है।