कुंद्राकुडी मुरूगन मंदिर, मदुरई के भगवान मुरूगन को समर्पित है। इसके अलावा, इस मंदिर में भगवान के दो मुख्य शिष्यों वल्ली और दाईवानाई की पूजा भी की जाती है। यह मंदिर एक छोटी सी पहाड़ी पर स्थित है। इस मंदिर में भगवान मुरूगन की 6 सिर वाली मूर्ति लगी हुई है। इस मंदिर वाली पहाड़ी पर चढ़ने के बाद आप यहां से अगली पहाड़ी पर स्थित भगवान गणेश के मंदिर को भी देख सकते है। इस मंदिर में भगवान मुरूगन की पूजा, भगवान पलानी मुरूगन के नाम पर की जाती है।