मालाय्त्तूर चर्च एक वैश्विक रूप से विख्यात धार्मिक केंद्र है जो मालाय्त्तूर पहाड़ी पर स्थित है। भक्त मौसम की परवाह किए बिना इस चर्च में आते हैं। किवदंतीयों के अनुसार ईसामसीह के प्रचारक सेंट थॉमस ने ईसामसीह के सुविचारों का प्रचार करने के उद्देश्य से इस पहाड़ी पर अपने कदम रखे थे।

ऐसा माना जाता है कि कई शताब्दियों पहले सेंट थॉमस ने इस पहाड़ी पर वर्जिन मैरी के लिए एक धार्मिक केंद्र का निर्माण किया और उसी स्थान पर चर्च बनाया गया। चर्च का निर्माण भारतीय रोमन वास्तुशैली पद्धति में किया गया है। यहाँ कई नक्काशियां और पेंटिंग्स हैं जिसमें मालाय्त्तूर चर्च की दीवारों पर ईसा मसीह के पाँच हर्षित रहस्य देखें जा सकते हैं।

प्रतिवर्ष मार्च और अप्रैल के महीनों के दौरान मालाय्त्तूर पेरुन्नाल मनाया जाता है। मालाय्त्तूर पेरुन्नाल के देखने योग्य आकर्षणों में मर्थोमा मंडपम, संनिदी, गोल्डन क्रॉस, एक आश्चर्यजनक पानी का झरना, पहाड़ी पर सेंट थॉमस के पदचिन्ह और उनकी आदमकद मूर्ति शामिल है। चर्च कोच्चि शहर से लगभग 45 किलोमीटर की दूरी पर स्थित है।