मोकोकचुंग के सबसे नजदीकी हवाई अड्डे हैं दीमापुर और जोरहट है। दीमापुर यहाँ से 212 किमी की दुरी पर स्थित है जबकि जोरहट 105 किमी दूर है। यहाँ के लिए गुवाहाटी और कोलकाता से रोजाना नियमित उड़ाने उपलब्ध है। इसके साथ ही यह देश के अन्य प्रमुख नजदीकी हवाई अड्डों से अच्छी तरह जुड़ा हुआ है।