वैसे तो थौबल में कई नदियां और झीलें हैं। पर यहां से होकर बहने वाली थौबल और इम्फाल नदी का विशेष महत्व है। ये दो नदियां न सिर्फ यहां की खूबसूरती में इजाफा करती है बल्कि ये कई शहरों और गांवों की जीवनदाता भी हैं। झीलों की बात करें तो इकोप झील, लौसी झील, पुमलेन झील और वेईथाउ झील प्रमुख है।
इकोप प्राकृतिक सुंदरता के मामले में काफी समृद्ध है और पर्यटकों की पहली पसंद है। यहां बहने वाली हल्की-हल्की ठंडी हवा पर्यटकों को अविस्मरणीय अनुभूति कराती है। 18 वर्ग किमी में फैली लौसी झील भूवैज्ञानिकों के बीच काफी प्रसिद्ध है। स्थानीय लोग इस झील के पानी का प्रयोग पीने के लिए करते हैं।
पुमलेन झील को पुमलेन पट के नाम से भी जाना जाता है। यह एक ताजे पानी की झील है। झील में टापू की तरह तैरते अपघटित पेड़-पौधे यहां का प्रमुख आकर्षण है।