ऊपरकोट जूनागढ़ का सबसे पुराना स्थान है और इस क्षेत्र का मुख्य केंद्र है। यह ऊपरी गढ़ है, जो करीब 2300 साल पहले बनाया गया था। यहां कुछ स्थानों पर 20 मी ऊंची दीवारें हैं। यहाँ की गुफाएं 1 से 4 सदी ई. में निर्मित मानी जाती हैं। उन्में सुंदर प्रवेश द्वार और खंभे, पानी जलाधार, एक विधानसभा हॉल और ध्यान के लिए एक कक्ष है।
यहां 300 फीट गहरी एक खाई भी है, जिसमें मगरमच्छ छिपे रहते हैं। अगर कोई भी हमलावर किले की ऊंची दीवारों पर चढ़ कर अंदर प्रवेश करना चाहेगा, तो वो व्यक्ति या तो मगरमच्छ से भरी खाई में गिर जाएगा या वह ऊपर लगे हुए कँगूरों की चपेट में आ जाएगा। किले के प्रवेश द्वार के अंदर, आप ऊपरकोट के विभिन्न शासकों के प्रतीक को देख सकते हैं, और यहां गणेश, हनुमान और शक्ति के मंदिर हैं।