नागालैंड के सभी शहरों और गाँवों की तरह जुन्हेबोटो में भी स्वयं का एयर पोर्ट नहीं है और दीमापुर का एयर पोर्ट समीपस्थ है, यहाँ से लगभग 80 किमी की दूरी पर। दीमापुर एयर पोर्ट गुवाहाटी से भली-भाँती जुड़ा हुआ है, जहाँ से, देश और विदेश के विभिन्न भागों के लिए और राष्ट्रीय और अंतर्राष्ट्रीय उड़ानें आसानी से उपलब्ध होती हैं।