जुन्हेबोटो में कोई रेलवे स्टेशन नहीं है। दीमापुर, नागालैंड का प्रमुख रेलवे स्टेशन है। ट्रेन से जुन्हेबोटो पहुँचने के लिए आपको दीमापुर रेलवे स्टेशन तक पहुँचना होगा और आगे सड़क मार्ग से जाना होगा। एक बार फिर दीमापुर नियमित रूप से गुवाहाटी और देश के अन्य भागों के लिए चलने वाली ट्रेनों के द्वारा देश के बाकी हिस्सों से अच्छी तरह से जुड़ा हुआ है। जुन्हेबोटो के लिए निकटतम रेलवे स्टेशन दीमापुर है।