जनार्दन स्वामी, भारत का एक प्रसिद्ध वैष्णव मंदिर है। इस मंदिर को दक्षिण भारत का बनारस कहा जाता है जो 2000 साल पुराना है। यह मंदिर, पापनासम समुद्र तट के निकट ही स्थित है। यहां एक प्राचीन घंटी है जिसके लिए माना जाता है कि यह घंटी, एक डच जहाज के कप्तान द्वारा मंदिर को सहयोग में प्रदान की गई थी, यह घंटी कई पर्यटकों के लिए आकर्षण का केंद्र बनी हुई है।
जनार्दन स्वामी मंदिर के इष्ट देवता भगवान विष्णु हैं। यह मंदिर, हर साल मनाए जाने वाले त्यौहार अरट्टू के लिए लोकप्रिय है। हिंदू महीने मीनम में दस दिनों तक यह त्यौहार मनाया जाता है। हजारों श्रद्धालु, अरट्टू त्यौहार के दौरान मंदिर में आते हैं। मंदिर को हिंदूओं के लिए प्रतिबंधित कर दिया गया है। हालांकि गैर - हिंदू भी मुख्य मंदिर में प्रवेश नहीं कर सकते हैं, वह मंदिर के परिसर में आराम से भ्रमण कर सकते हैं। हिंदू यहां केवल अपने पूर्वजों को श्रद्धांजलि अर्पित करने के लिए आ सकते हैं। लोगों का मानना है कि मंदिर परिसर में स्थित तालाब का पानी पवित्र है और उसमें डुबकी लगाकर नहाने से सारे पाप धुल जाते हैं।
यह मंदिर, दक्षिण भारतीय स्थापत्य शैली में बनाया गया है जो वर्कला रेलवे स्टेशन से 3 किमी. की दूरी पर स्थित है।