मगन संग्रहालय की स्थापना वर्धा गाँव में मगनवाड़ी में की गई। इसका उद्घाटन 30 दिसंबर 1938 को स्वयं महात्मा गाँधी ने किया था और यह विज्ञान केंद्र के पास स्थित है। यह संग्रहालय गांधीवादी अर्थव्यस्था के दो प्रसिद्द जानकारों आर्यनायकम और डा. जे.सी. कुमारप्पा के द्वारा विकसित किया गया।
यह संग्रहालय ग्रामीण उद्योग, डेरी(दुग्ध व्यवसाय), खेती के प्रति जागरूकता फैलाने के उद्देश्य से स्थापित किया गया था, ताकि इनके अनुसंधान और विकास की पर विशेष ध्यान दिया जा सके।
यहाँ स्थानीय ग्रामीण कारीगरों द्वारा बनाई गई खादी, चरखा और हस्तशिल्प के विभिन्न प्रकार का प्रदर्शन भी किया जाता है – वह पद्धति जो स्वदेशी आंदोलन को बढ़ावा देने के लिए अपनाई गई थी।