मल्लिकार्जुन मंदिर भूतनाथ मंदिरों के समूह का एक भाग है तथा इस क्षेत्र का दूसरा सबसे प्रमुख मंदिर है। अगस्त्य झील के उत्तर पूर्व में स्थित इस मंदिर की संरचना सीढीनुमा है जो कल्याणी चालुक्यों की वास्तुकला की विशेषता है। इस मंदिर की कई विशेषताएं हैं जैसे क्षैतिज परत, पिरामिड संरचना, खुले मंडप जिन्हें कोणीय छतों द्वारा ढंका गया है तथा सपाट दीवारें। ऐसा माना जाता है कि बादामी से होकर गुजरने वाले यात्रियों को अपनी सूची में मल्लिकार्जुन मंदिर को अवश्य शामिल करना चाहिए।