बाबर, भारत के पहले मुगल सम्राट ने कई सारी मस्जिदें बनवायी थीं, कुछ मूल रूप से तो कुछ हिन्दू मंदिरों को नष्ट कर के, उन्हीं में से एक अयोध्या में बाबरी मस्जिद थी। करनाल में बाबर की मस्जिद, भारत के विभिन्न भागों में बनवायी गईं कई अन्य मस्जिदों की तरह है, उसमें मुगल शैली की वास्तुकला एवं स्थानीय प्रभाव साफ झलकता है।
मस्जिद का निर्माण 1527 में शुरू किया था और 1528 में पूरा किया गया। मस्जिद इब्राहिम लोधी पर अपनी जीत का जश्न मनाने और निर्णायक भारतीय साम्राज्य पर अपना वर्चस्व स्थापित करने के लिए बाबर द्वारा बनवायी गई थी। एक विशाल क्षेत्र पर स्थित बड़ी मस्जिद, साथ ही एक बगीचा था, लेकिन यह समय के साथ गायब हो गया है।
मस्जिद के मुख्य प्रार्थना हॉल 53.75x16.5 मीटर के हैं और एक उच्च गुंबद ऊपर से हैं। इसें अष्टकोणीय टावर हैं, जो ईटों से बने हुए हैं और ऊपर से गुंबद है, लेकिन उनमें से सिर्फ एक बचा है अब। मस्जिद के तीन गुंबद हैं। मुख्य गुंबद दो छोटे गुम्बदों के बीच में घिरा है। मस्जिद एक दूसरे के समानांतर बनायी गईं दो विशाल दीवारों से घिरी है।
यहां एक गहरा कुआं भी है, जिसमें ठंडा और मीठा पानी उपलब्ध रहता है। मस्जिद में एक पत्थर है, जिस पर फारसी भाषा में लिखा है कि इसे एक वास्तुकार मीर बाकी ने बनवाया था। मस्जिद करनाल के शहर के दिल में स्थित है।