थिरुनावाया मंदिर को थिरुनावाया नव मुकुंद क्षेत्रं के रूप में भी जाना जाता है। इस प्राचीन मंदिर का एक ऐतिहासिक महत्व है। मंदिर सजीवतापूर्वक, भारथापुज्हा नदी के किनारे बना है, जहाँ केरल के कई भक्त आते हैं। यह मंदिर छोटे से गाँव थिरुनावाया में स्थित है, इस जगह का केरल के प्राचीन इतिहास में स्थान है क्यूंकि यहाँ सबसे प्रसिद्ध ममाम्न्कम समारोह का आयोजन होता है।
मंदिर के इष्टदेव भगवान विष्णु है जिनको नव मुकुंदन के रूप में पूजा जाता है। मंदिर परिसर के अंदर उप धार्मिक स्थल, भगवान गणेश और देवी लक्ष्मी को समर्पित है। प्राचीन काल में इस मंदिर में वैदिक शिक्षा केंद्र था और ऐसा माना जाता है की दक्षिण भारत भर से विद्वानों यहाँ आते थे।
म्य्सोरियान आक्रमण के दौरान यह मंदिर तबाह कर दिया गया था और टीपू सुल्तान की सेना द्वारा लूट लिया गया लेकिन बाद में अपनी महिमा पुनः प्राप्त किया। थिरुनावाया मंदिर तिरुर शहर से 8 किमी दूर स्थित है और सड़क मार्ग से पंहुचा जा सकता है।