चामुंडेश्वरी मंदिर गुरुवायुरप्पन मंदिर के आसपास के क्षेत्र में स्थित है। श्री चामुंडेश्वरी इस मंदिर की देवी है जो की माँ दुर्गा का दूसरा रूप है। इस मंदिर के परिसर में, तीर्थस्थल है भगवती थाज्ह्ठुकवु का। इस मंदिर के देवता को एक पत्थर की पटिया के रूप में रखा गया है। चामुंडेश्वरी मंदिर एक प्राचीन मंदिर है जहाँ सैकड़ों श्रद्धालुओं हर साल आते हैं।
गुरुवायुरप्पन मंदिर आने वाले श्रद्धालुओं हमेशा प्रार्थना यहाँ करते है। मंदिर पवित्र गुरुयावुर शहर के बीच में स्थित है। चामुंडेश्वरी मंदिर ध्यान लगाने और दिव्य शक्ति की तलाश के लिए एक अच्छा स्थान है।